Le fort Sao Joao Baptista de Ajuda a été construit en 1721. Il est le seul fort sauvegardé de la ville. Les 4 autres (français, hollandais, anglais et danois) ont été détruits. Il permet de se rendre compte de la dimension militaire du lieu avec le mur d’enceinte, les canons, le logement du gouverneur et des soldats. Mais aussi de commencer à découvrir l’histoire du royaume de Ouidah et de l’esclavage.
Le musée, hébergé au sein du fort, retrace l’histoire des souverains locaux, de leur relation avec les européens et donne à voir les conditions dans lesquelles les esclaves étaient emprisonnés pendant des mois, à l’intérieur du fort, en attendant l’arrivée des navires négriers. On y trouve aussi une très belle exposition de photos de Pierre Verger qui montre la proximité culturelle entre le Bénin et le Brésil (pays de destination de la plupart des esclaves qui ont quitté la région).